Начало развития детской хирургии в Крыму связано с именем заведующего кафедрой госпитальной хирургии педиатрического факультета КМИ профессора К.С. Керопиана. По его инициативе в 1959 г. были выделены палаты для детей во 2-й городской больнице Симферополя. Ведение курса детской хирургии было поручено доценту Потаповой З.Ф., которая одновременно была главным хирургом при Крымском ОЗО.

В 1964 г. база курса переводится в новую 6-ю городскую больницу, где было развернуто детское хирургическое отделение. В 1966 г. с переводом курса детской хирургии в 5-ю городскую больницу начинает осуществляться постоянная ургентная хирургическая помощь детям Симферополя и Крымской области. В это же время создается кафедра детской хирургии, которую возглавил профессор Иванов Г.И. и руководил ею до 1981 г. В этот период на кафедре работают известные ученые: профессор Иванов Г.И., доценты Потапова З.Ф., Мазурова В.К., Маков Н.Н., Белоблоцкий В.Т.

В 1981 г. кафедру возглавила доцент Мазурова В.К., а в 1983 г. заведующим кафедры стал профессор Слепцов В.П., с приходом которого активизировалась работа по подготовке научных кадров. Под его руководством было защищено 12 кандидатских диссертаций. В декабре 1988 г. с вводом в строй областной детской многопрофильной больницы базой кафедры стали детское хирургическое, детское ортопедо-травматологическое, детское торакальное (которое было перепрофилировано в детское урологическое) отделения.

В 1994 г. кафедрой руководил доцент Вершинин А.Я. Но уже в 1996 г. профессор Слепцов В.П. вновь возглавил кафедру и руководил ею 2006 г.

В 2006 г. кафедра детской хирургии вновь была преобразована в курс, которым руководил доцент Притуло Л.Ф., имеющий высшую категорию по детской хирургии и детской урологии. В 2012 году курс снова преобразован в кафедру детской хирургии с курсом урологии, и заведующим кафедрой стал профессор Притуло Леонид Федорович.

На кафедре на протяжении ряда лет разрабатывались вопросы ранней диагностики и лечения детей со сложной хирургической патологией; были завершены работы по теме «Разработка новых методов диагностики и лечения в хирургии детского возраста, включая детей перенесших радиационную агрессию с диспансеризацией и реабилитацией на курортах Крыма» и защищены 8 кандидатских диссертаций.

В настоящее время коллектив работает по теме «Поиски новых методов диагностики и фрагментов комплексного лечения гнойно-септических заболеваний с прогнозированием их течения, пороков развития и приобретенных заболеваний у детей». Научная работа на кафедре проводится совместно с практическими врачами, которыми были защищены 3 кандидатских диссертации. За последние 10 лет опубликовано более 380 научных работ, оформлено 112 изобретений и 38 рационализаторских предложений, защищена докторская диссертация.

Работниками кафедры разработаны и внедрены: операции при крипторхизме, тяжелых формах эписпадии, гипоспадии, врожденной аномалии ЖКТ, гидронефрозах. Разрабатываются методы лечения врожденной патологии ЖКТ и язвенно-некротического энтероколита у новорожденных.

В 1988 г. кафедра факультетской и госпитальной хирургии КМИ была реорганизована в кафедру факультетской хирургии с курсами хирургических болезней и урологии. Курс урологии возглавил профессор Шимкус Эдуард Мартынович. В 1991 г. была основана кафедра хирургических болезней с курсом урологии, курс продолжил возглавлять Шимкус Э.М. В 2007 г. заведующим курсом урологии становится профессор Клименко П.М. В 2012 г. курс вошел в состав вновь образованной кафедры детской хирургии с курсом урологии. Аспиранты и ординаторы, обучающиеся на курсе урологии,  с 1957 по 2002 гг. защитили 18 кандидатских и 1 докторскую диссертации.

Курсом урологии до настоящего времени заведует профессор Клименко Петр Михайлович – Заслуженный врач АР Крым, автор свыше 90 научных работ, 5 патентов на оригинальные методы лечения и диагностики заболеваний предстательной железы. Основные направления научной тематики: воспалительные заболевания органов мочеполовой системы, лечение мочекаменной болезни, простатэктомии при раке предстательной железы, малоинвазивные методы лечения недержания мочи и др.

Состав кафедры 2016 года: доктор медицинских наук, профессор Акмоллаев Д.С., кандидаты медицинских наук, доценты Васильев О.В., Чабанов В.А., Шимкус С.Э., ассистенты Ионичева Е.В., Рыбников А.П., старший лаборант Смолина Е.А., лаборант Телегина Я.Г.