Кафедра патологической физиологии в Крымском медицинском институте создана в 1935 г. Первым руководителем стал профессор Николай Васильевич Колпиков, который наладил учебный процесс, организовал научные исследования по изучению патогенеза иммунитета, инфекционного процесса и роли ретикулоэндотелиальной системы при различных патологических воздействиях на организм. С 1937 г. на кафедре началось изучение влияния курортных факторов Крыма, а именно сакских грязей, на течение инфекционного процесса и состояние иммунобиологической реактивности организма. Главным достижением в научной работе кафедры в послевоенный период (1944-1951 гг.) были работы по изучению феодосийской лечебной грязи, которые поспособствовали применению грязелечения в санаториях Феодосии.
С 1951 по 1974 гг. кафедрой заведовал доцент С.И. Георгиевский. В преподавание курса патологической физиологии им были привнесены лучшие традиции школ московских патофизиологов. В учебном процессе стали широко использоваться модельные опыты, эксперименты на животных. Под его руководством основные исследования стали проводиться по физиологии и патологии пищеварения, обмена веществ. Ассистентом В.А. Проценко проводилось изучение этиологии, патогенеза и экспериментальной терапии панкреатитов. Исследование обмена протеолитических ферментов в организме проводилось ассистентом И.Ф. Спицыным.
С 1974 по 1997 гг. кафедрой руководил профессор Виктор Александрович Проценко. Была пересмотрена методика преподавания патологической физиологии с клинической направленностью изложения материала. В совершенствовании учебного процесса участвовали профессор В.И. Окулов, доценты Н.Г. Павловский, С.М. Доценко, старшие преподаватели Ю.Н. Колесников и И.Ф. Спицын. На кафедру пришли молодые преподаватели С.И. Шпак, В.Ф. Веселов, В.В. Опрышко, В.З. Харченко, П.Ф. Семенец, которые активно включились в работу кафедры. За успехи в подготовке научных и врачебных кадров профессору В.А.Проценко в 1994 г. было присвоено звание Заслуженного деятеля науки и техники Украины.
В 1997 г. руководство кафедрой принял профессор Харченко Владимир Захарович. Были сохранены и приумножены лучшие традиции кафедры. Большой вклад в подготовку врачей и научную работу внесли профессора Проценко В.А., Кубышкин А.В., Окулов В.И., доценты Доценко С.М., Веселов В.Ф., Семенец П.Ф., Шрамко Ю.И., ст. преподаватель Колесников Ю.Н., ассистенты Анисимова Л.В., Алиев Л.Л., Литвинова С.В., Фомочкина И.И., Щербак В.В.
Под руководством Харченко В.З. на кафедре создан компьютерный класс, внедрена программа по обучению и контролю знаний студентов, изданы 30 учебно-методических пособий, курс лекций по общей и частной патофизиологии, опубликованы лекции и учебники на английском языке. За разработку теоретических основ протекторного действия ингибиторов ферментов протеолиза при воспитательно-деструктивных заболеваниях и их внедрение в медицинскую практику Харченко В.З. дважды был удостоен звания Лауреата премии АР Крым (1994, 2013).
С 2008 г. кафедрой руководит доктор медицинских наук, профессор Анатолий Владимирович Кубышкин. Под его руководством научная работа кафедры включена в перечень приоритетных направлений развития науки. В 2011 г. издан учебник «General and Clinical Pathophysiology» под редакцией профессора А.В. Кубышкина с участием сотрудников кафедр патофизиологии 8 медицинских университетов Украины. С возвращением Крыма в состав Российской Федерации в 2014 году кафедра перестраивает процесс преподавания по стандартам РФ. Вводится курс клинической патофизиологии для студентов 5 курса, курс патологической физиологии для ординаторов. Кафедра переименовывается в кафедру общей и клинической патофизиологии.