Кафедра гистологии и эмбриологии – старейшая кафедра вуза, основанная в 1931 г. Первым заведующим был профессор Я.Е. Браул (в 1931-1932 гг.) Затем в 1934-1939 гг. кафедрой руководил профессор Н.Х. Флеров, а с 1940 г. до 1972 г. – профессор Б.П, Хватов. История кафедры тесно связана с эмбриологическими исследованиями, сформировавшими Крымскую эмбриологическую школу, основателем которой стал Б. П. Хватов, проработавший в институте с 1940 по 1975 гг. Им описаны ранние (трубные) стадии развития человека и животных, высказаны оригинальные концепции по механизму оплодотворения и дробления, впервые начато изучение оплодотворения и дробления in vitro у человека (совместно с Г.Н. Петровым) с целью разработки методов борьбы с бесплодием. В эти годы сформировалось основное направление исследований – изучение гистофизиологии половой системы и раннего эмбриогенеза человека и млекопитающих животных.
С 1972 по 1981 гг. кафедрой заведовал профессор Ю.Н. Шаповалов, под руководством которого были продолжены исследования закономерностей развития в ранний период онтогенеза. Впервые описан 17-ти суточный нормальный зародыш человека, изученный комплексом морфологических, цито- и гистохимических методов исследования. Применение методов цитохимии позволило дать объективную оценку особенностям дифференцировки клеток трех зародышевых листков и провизорных структур человека. Изучены и описаны закономерности гисто- и органогенеза пищеварительной системы от момента закладки до рождения, органа зрения, предстательной железы, яичника. По этим направлениям защищены 4 докторские и 16 кандидатских диссертаций.
С 1981 по 1991 гг. кафедрой заведовал А.И. Брусиловский. Было продолжено изучение ранних закономерностей гисто- и органогенеза у человека с использованием современных методов компьютерной и ЭВМ-техники, ультрамикроскопии и морфометрии. Проведено выяснение новых аспектов клинико-морфологических параллелей в системе мать-плацента-плод. С помощью новых количественных методов исследования, разработанных в Крымском медицинском институте, изучены темпы морфогенеза плаценты при токсикозах второй половины беременности, невынашивании плода, пороках сердца у беременных, несовместимости матери и плода по антигенам АВО и резус-фактору, вегето-сосудистой дистонии у беременных и других формах патологической беременности или заболеваниях женщин. Установлены морфологические критерии развития адаптационных морфологических реакций в плаценте человека и их влияние на судьбу плода и новорожденного. Итоги этих работ нашли отражение в2 докторских и 8 кандидатских диссертациях.
С 1991 по 1998 год кафедру возглавлял профессор Б.В. Троценко. Он внедрил в практику научных исследований методы количественной цито- и гистохимии и морфометрии, которые существенно разнообразили и дополнили качественный анализ в работах по изучению морфологии мужской половой системы. Под его руководством защищены 1 докторская и 4 кандидатских диссертации.
С 1999 по 2003 год научная тематика кафедры изменилась на экологическую в связи с приглашением на заведование кафедрой профессора Н.К. Кашириной. Было изучено влияние хронической свинцовой интоксикации на организм нескольких поколений экспериментальных животных. За этот период защищены 4 кандидатские диссертации.
С 2003 года и по настоящее время кафедрой заведует профессор Е.Ю. Шаповалова. Эмбриологическая направленность исследований на кафедре продолжилась, 8 аспирантов и соискателей защитили кандидатские диссертации. Профессор Е.Ю. Шаповалова является руководителем Крымской эмбриологической школы, автором более 200 научных работ, монографий, 2 патентов на полезную модель и 18 методических пособий, 14 из которых написаны и изданы на английском языке. Награждена Золотой медалью Всемирного общества интеллектуальной собственности (Швейцария) в разделе «Женщины-изобретатели» и имеет звание «Заслуженный работник науки и образования» по версии РАЕ. Член-корреспондент Международной академии Интегративной медицины, РАЕ и Крымской академии наук. Создала активно работающую с 2007 года лабораторию «Регенеративной медицины, лектино- и иммуногистохимии» ЦНИЛ.
В 2016 году кафедра получила звание «Золотая кафедра России» по версии РАЕ.
Состав кафедры 2016 года: доктора медицинских наук, профессора Троценко Б.В., Барсуков Н.П., кандидаты медицинских наук, доценты Бойко Т.А., Бондаренко В.В., Демьяненко И.А., Купша Е.И., Лугин И.А., Харченко С.В., Шелепа Е.Д., Юнси Г.А., кандидат медицинских наук, ассистент Большакова О.В., ассистент Василенко С.А.