История кафедры хирургии № 2 начинается с 1932 г., когда на базе хирургического корпуса больницы им. Н.А. Семашко была организована кафедра факультетской хирургии под руководством профессора Матусова М.Б., который руководил кафедрой до 1944 г. Основными направлениями научно-практической деятельности кафедры были проблемы абдоминальной и эндокринной хирургии.
С 1944 г. до 1962 г. кафедру возглавлял профессор Царенко П.П. На кафедре продолжилось изучение краевой патологии Крыма – зобной болезни. Из числа учеников профессора П.П. Царенко профессорами стали М.Д. Джавад-Заде, член-корреспондент АМН СССР, Э.М. Шимкус, Лауреат Государственной премии за работы в области урологии, В.П. Фесенко, В.М. Сегалов, стала доктором медицинских наук З.П. Кузнецова, областной хирург Крыма.
С 1962 по 1979 гг. кафедру возглавлял профессор В.И. Соловьев, ученик профессора Е.И. Захарова. Профиль научных исследований кафедры изменился, и основным направлением стали вопросы хирургической гастроэнтерологии, язвенной болезни и болезней оперированного желудка.
С 1979 г. по 1983 г. кафедру возглавлял доцент К.С. Тихонов – ученик профессора К.С. Керопиана.
В 1983 г. по 1991 г. заведующим кафедрой был профессор Н.Н. Волобуев, один из учеников профессора Е.И. Захарова. Кафедра была реорганизована и стала называться кафедрой госпитальной хирургии № 2.
С 1991 по 2006 гг. кафедрой руководил профессор Сегалов В.М. К научным направлениям работы на кафедре относились проблемы абдоминальной плановой и неотложной хирургии щитовидной железы, патология органов кровообращения и хирургическая инфекция.
В 2006 г. кафедрой руководил доцент Ю.В. Артемов. В это время была создана кафедра хирургии № 2 в результате объединения кафедры госпитальной хирургии № 2, кафедры детской хирургии и кафедры травматологии и ортопедии.
С 2007 г. и по настоящее время кафедрой руководит доктор медицинских наук, профессор Ильченко Федор Николаевич, автор 180 печатных научных работ, 2 монографий, 27 патентов, подготовивший 5 кандидатов медицинских наук.
В 2012 г. вновь произошла реорганизация кафедры: были созданы отдельные кафедра травматологии и ортопедии и кафедра детской хирургии с курсом урологии.
Кафедра не изменила своих традиций, и основными научными направлениями являются актуальные проблемы абдоминальной плановой и неотложной хирургии, разработка миниинвазивных технологий в абдоминальной хирургии, эндокринная хирургия, сосудистая хирургия. Эти направления выполняются в рамках инициативных НИР: «Применение миниинвазивных хирургических и клеточных регенераторных технологий в лечении осложнений сосудистой патологии нижних конечностей»; «Актуальные вопросы профилактики и лечения хирургической патологии брюшной стенки, брюшной полости и их осложнения»; «Актуальные вопросы хирургических эндокринных заболеваний и особенности их эпидемиологии, диагностики и лечения в Крымском регионе».